圆通寺已有多年的建寺历史，它位于昆明市区内的圆通街上，圆通寺在中国西南地区和东南亚地区享有盛名，有传说圆通寺始建于南诏时期，元代李源道《创修圆通寺碑》称，圆通寺兴建之初应为观音道场，专奉观音菩萨。据《南诏图传》、《白古通纪》等记载，南诏建国后，观音一直被视为保护神。南诏人的观音信仰，属于密教，当时南诏人建设圆通寺主要原因是为了降龙。
民间相传，圆通山的蛟龙洞里，住着一条蛟龙，这条蛟龙常常兴风作雨，为害百姓。为此，建设了一座寺庙镇住这条蛟龙，使他不出来危害百姓，今圆通寺内有“咒蛟台”一处，就是这个故事的有力证据。还有一个传说说，纳霞屏下很久以前有潮音、幽谷二洞，洞中分别有两条蛟龙，这两条龙不守章法，常常呼风唤雨瞎胡闹，引发洪水祸害民间，有高德大善人懂得方法，便请来晋宁盘龙寺的开山祖师宗照来此筑台念经，镇住了这两条蛟龙，消除了这一带的水患。
随后，建起了这座“补陀罗伽寺”，用于镇住蛟龙，保障一方水调雨顺。大理国灭亡时，这座补陀罗伽寺被毁于战火。到了元大德五年，也就是公元年重修这座寺庙，历时18年才完工，寺建成后，改名“圆通寺”。到了嘉定七年，也就是公元年，宋宁宗为圆通寺赐题写了“圆通宝殿”匾额。到了明朝的洪武十五年，也就是公元年，昆明市再次扩城，“圆通寺”被圈入城内。在以后的日子里，“圆通寺”每隔三五十年就小规模的修葺一次。
据记载，“圆通寺”先后在永乐元年（年），景泰四年（年），成化十九年（年），嘉靖十四年（年）修缮过。最为值得一提的是，到了清朝的康熙八年，也就是公元年，清朝的平西王吴三桂大发慈悲，竟捐资重修了圆通寺的大雄宝殿，还新建了“圆通胜境”石坊，并在咒蛟台一侧增建了吕祖殿。就是这个引清兵入关，康熙年间发动全国性叛乱、建立自己政权的吴三桂，这时候把更多的非佛教因素安排进了圆通寺。
到了康熙二十四年，也就是公元年，清朝开国元勋范文程第三子，福建总督范承谟的弟弟，官至云贵总督、江南江西总督、兵部尚书、太子太保的范承勋平定吴三桂的政权，他筹钱重修了圆通寺，并对吴三桂所胡乱安排的一些非佛教建筑与内容进行了大清理。只可惜圆通寺身有劫数，在劫难逃，在清同治十年，也就是公元年遭受洪水，圆通寺被毁。又到了光绪十一年，也就是公元年才得以重修。圆通寺的造像配置很独特，圆通宝殿、密宗殿内的释迦牟尼像与铜佛殿内铜制的释迦牟尼坐像不一致，形态各异。
大殿正中两根高达10米的立柱上，各塑一青一赤的彩龙作为护法，这种以“天龙八部”作为护法，唐宋时期常被画塑于三门殿外，置于大殿之中实为少见。韦陀、伽蓝本职是护法，一般立于殿外，而在这立于殿中，是昆明圆通寺造像配置安排的的又一特色。据文献记载，吴三桂重修大殿时，其女婿胡国柱把吴三桂、吴三桂大将马宝和自己也塑在了大殿后壁。后范承勋重修圆通寺，推倒吴三桂、胡国柱塑像，唯留马宝。
此外，虽然明清所建的玄天阁、吕祖殿等皆已不存，但圆通寺仍然留下了一些道教的痕迹。如“圆通胜景”石坊上，雕有八洞神仙、南极仙翁、三星云游等内容；大殿两壁塑像中颇有一些道教神真等等。
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