智师在江都住了不久，便辞晋王，回到天台山。当时沿途吴越百姓，清扫街道相迎。县令、州牧都树幡华迎接和欢送。
智师所居的修禅寺，已荒废12年，人踪久断，竹树成林。智师回来时走到半山，忽见一位老僧，须发雪白，拄着锡杖相迎。大家都看得清清楚楚，待走到近前，那老僧忽然隐而不见。圣僧尚在迎候，况普通人呢!
智师爱林泉之乐，常常负杖闲游，像在吟叹道：“我虽在嘈杂的人群间，也没有忘记过山野之乐。静幽幽的深谷，快乐宁静的夜晚，能自照心灵，岂非乐事啊!”
后来有一夜，明月照在床上，智师独坐说法。连续很长时间，好像有人向他请教疑难。侍者智曦第二天一早问他：“未知大师昨夜有何因缘?”智师答道：“我起初梦见大风忽起，吹坏宝塔。接着，梵僧对我说：‘机缘如柴草，照用如火，傍助如风。这三种都已齐备，化道才行。华顶那夜，我已作影响；现在机用将尽，傍助也已停息，特来相告您!’我还看到南岳大师和喜禅师，命我说法。我想了想，说道：‘我对各种法的义理，大多是自己研学的心得；只有三观三智的义理，最早是从南岳大师面受而后开说。’说完，南岳大师对我说：‘他方净土，很早就等着你去。你有因缘，应当前往。我们相送你。’我下拜答允。这是死期已至。我回忆年少时之梦，当死在这里，所以每次都很高兴回到天台山。今已得冥告，势必不久当死。死后你们给我安葬在西南峰所指之地，尸体四周累石，坟穴上种植松树，立二座白色的塔，使人见了，发菩提心。”
又过不久，对弟子说：“商人临走时寄托金钱，医师去时留下药物。我虽不才，但对学那些只有狂慧，不发精进的人，感到可悲。当即口授《观心论》，出口成章疏，不加修改。《观心论》另见专本。
当年十月，晋王人京朝觐，回到江都，派高孝信人天台山奉迎智师。智师便将所用什物，施舍给贫穷僧人，在山下立上木桩，又画出寺院的图纸式样，嘱咐僧众：“这座寺址，就在我眼前；寺宇建成，在我死后。我来不及看到它的建成，你们会看到它的。后若建寺，一一按照我绘的图样。”
02:27弟子们怀疑问道：“这一带山涧险峙，有何因缘力量能建成寺?”智师答道：“此非小缘，乃是王家所办!”众人听了，互相猜测：或说是姓王之王，或说是天王之王，或说是国王之王，喧喧议论，无法决断。今日事已应验(国清寺已建成)，方知智师所说，应是帝王之王。
标定寺基之后，智师随高孝信下山。行到石城(今新昌大佛寺)，便称有病，对智越说：“大王召唤我来，我不负言而来。我知命当终此，故不必再前进了。石城是天台山西门，大佛(指弥勒石佛)是未来之佛。这里环境很好，我当最后用心修持。衣钵道具，分为两部分：一分供奉弥勒，一分供羯磨用。”说完，右胁西向而卧，只念弥陀、般若、观音。
侍者奉请服药。智师说：“药物能除病、留残年吗?我病不与身相合，药何能除?残年不与心相合，药何能留?智睎你过去听说过哪些经?《观心论》中所讲的是些什么?别让医药之事扰累你了!”侍者又请吃斋饭。智师说：“非但步影能作为斋，内无能观之心，外无所观之像，心缘一致，这才是真斋。我活着，则毒器(指贪瞠痴三毒)多所劳作，死了才是休养生息的乐事。世间的情况就是如此，不值得多叹息。”当即口授遗书，并手书四十六字，告诉弟子说：“这莲华香炉和犀角如意(讲经时手执之物)，原是大王所赐，今仍奉还大王，作为留别纪念。愿大王芳香不穷，永保如意!”手书(见别本)也亲自封好。
智师又让弟子取出他的三衣一钵，洒扫清净，令弟子同念唱《法华经》和《无量寿经》，作为最后闻思。听《法华经》毕，赞叹道：“《法华经》是法门父母，慧解由此而生，本与迹旷大无比，微妙难测。我四十多年蕴藏着，知谁可传，只有我明白，其他人都不知道。今日正如钟子期死，伯牙绝弦破琴；郢人死，匠石不再运斤(斧)的情况相似啊!”听《无量寿经》毕，赞叹道：“四十八愿，庄严西方净土，华池宝树，易往的佳处却无人去。就是当人火车地狱的见了，能改悔的，也能往生；何况戒慧熏修，行道得力者，实功不唐捐!梵音声相，实在不是诳骗人的。”当唱经时，吴州侍官张达等五人陪伴，只见大佛增大一倍，石像光明满山，直照房内。诸僧或得瑞梦，或见奇相。他们虽居住在各处，但却同时发生。
唱经毕后，智师索香汤漱口，说：“十如(如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等)、四不生(诸法不从自生、不从他生、不从共生、不从无因生)、十法界(佛界、菩萨界、缘觉界、声闻界、天界、人界、修罗界、饿鬼界、畜生界、地狱界)、三观(空观、假观、中观)、四无量心(大慈、大悲、大喜、大舍)、四悉檀(世界悉檀、为人悉檀、对治悉檀、第一义悉檀)、四谛(苦、集、灭、道)、十二因缘(藏教思议生灭十二因缘、通教思议不生灭十二因缘、别教不思议生灭十二因缘、圆教不思议不生灭十二因缘)、六波罗蜜(布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧)，每种法门融摄一切法，都能通心到清凉地。若能在病患境中，通达这些法门者，便如《涅盘经·寿命品》中说的二十五岁壮年人，百斤黄金完全可以托付于他。这是我最后谈玄论道，然后寂灭。我当去了!”
弟子智朗请示道：“请您再慈留一下，解释我的疑问。不知您生往何处?今后谁可作为我们的宗师?”
智师回答说：“你等懒种善根，问他人的功德，如盲人问乳，拐者问路，告诉你何用?由于多恶不调，才产生喜怒呵赞，既不自省察，还讥嫌他人。我已不久于世，应当为这些人破除疑谤。《观心论》中已经解释，我还要告诉你，我若不因领众修习事烦，必登六根清净之位；但今为他人损了自身，只是五品弟子位而已。你问我生往何处?势至、观音都来迎接我去西方净土。问谁可宗仰?你没有听说过戒律是僧人之师。我常说三种三昧，是你的明导，教你放下重担，教你降伏三毒(贪、瞠、痴)，教你治四大(指身体)，教你解业障，教你破魔军，教你调禅味，教你折轻慢他人之幢，教你远离邪恶，教你出无为的火坑，教你离大悲难。只有这位大师(指戒律)能作我们的依止。我与你们因法相遇，以法为亲，传习佛灯，都是佛的眷属。若不能遵守戒律，传习魔灯，就不是我的弟子了!”
智师又教诫维那说：“人在寿命将终时，听到钟磬声，能增加正念。钟磬声要长久响，直到气尽为止。为什么按常规要到人身冷(已死)才敲钟磬呢?人世间常见的人死哭泣，给死者换衣服等，皆不必做!”说毕，智师跏趺而坐，唱三宝名，像进入三昧中。大隋开皇十七年(年)，岁次丁巳，十一月二十四日未时人灭。年六十岁，僧龄四十年。直到子时，脑门犹暖。
智师虽吩咐大家不许哭泣，弟子们还是哽咽着，悲痛忧愁，不能自止，像日落舟沉，永远凭仰。智师的肉身跏趺安坐在外十日，道俗闻讯前来，烧香散花，环绕哭拜。十日过后，安放在神龛之内，肉身流汗遍体，用绵帛拂拭，通身像洗过一样。不久，送归佛陇，连日大雨不止。弟子们诵咒，愿大师赐威神以止雨才动手掘墓穴，云开雨止，风啸松悲，泉奔水咽。道俗弟子护持灵柩，到智师生前嘱咐之地安葬。龛坟虽已掩埋，但妙迹常显灵通。
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